一、南京府

南京臨時政府成立后，將江寧府改為南京府，直屬內務部。南京府設府知事1人，直屬內務總長指揮和監督。

二、省軍政府

由于戰爭正在進行，各省行政體制極不統一，大致可分為兩種類型:一是湖北類型。二是福建類型。

三、軍政分府

軍政分府一般設在省的某些重要地點，其特點是軍政、民政、財政合一。

四、縣

從職能上看，縣的長官大都主管一縣的軍政、民政事務，帶有軍政分府的特色。縣級政權雖多次變換名稱，但體制基本上是沿襲前清舊制，掌權的也基本上仍是前清的舊官吏。縣級政權是南京臨時政府行政體制中變革最不徹底的。